Ihren Namen erhielt die Kirche aus Verehrung für die Heilige Anna, die Mutter Marias, die zugleich als Beschützerin der Bergleute gilt. Wann diese Kirche erbaut wurde, ist leider nicht bekannt. Um ihren Bau rankt sich eine Sage, das ein Ritter von Mergenthal zum Kreuzzug aufbrach. Falls er gesund heimkehre, wollte er eine Kirche errichten, war sein Gelübde. Historische Fakten widerlegen diese Theorie.

Eine weitere Sage wird von der so genannten Hundskapelle erzählt. Die geplanten Bauarbeiten scheiterten, weil angeblich die am Tage begonnene Arbeit des Nachts vom Teufel zunichte gemacht worden sei, der die Steine wegrollte. Der Bau wurde gewiss nie vollendet. Aller Wahrscheinlichkeit nach entstand das erste Kirchengebäude um 1300, nachdem fränkische Siedler Wald gerodet hatten und die Grundlage für die Errichtung des Waldhufendorfes Niederschöna schufen.

Das Niederschöna 1346 schon bestanden hat, belegt das „Archidiakonat des Meißner Dompropstes" in dem „Niederschönau" erwähnt wurde, das damals kirchlicherseits zu Weylandsdorff (Wilsdruff) gehörte.

Die Reformation wurde in unserer Region nach 1537 eingeführt. Der erste hier nachgewiesene Pfarrer hieß Sylvester Treuteler(1549-1546). Zur Kirchgemeinde Niederschöna gehörte 1588 außer Niederschöna nur Herrendorf, in der Folgezeit kam Hetzdorf hinzu. Die Kirchenbücher beginnen 1588.

Der frühgotische Taufstein und der „Mailänder Kanzelaltar" sind neben der Silbermann-Orgel die bedeutensten Kunstgegenstände der Kirche.
Von 2000 bis 2007 wurde die Kirche von Außen und Innen saniert.

Seit über 40 Jahren gibt es das traditionelle Pfingstmontag-Konzert um 15.00 Uhr mit der Silbermann-Orgel.

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